Добрый день.
Давайте уточним - а на каком основании Вам привлеченные перевозчики выставили НДС?
Читаем п. 18 Постановления Пленума ВАС РФ от 30.05.2014 N 33 "О некоторых вопросах, возникающих у арбитражных судов при рассмотрении дел, связанных с взиманием налога на добавленную стоимость":
Цитата:На основании подпункта 2.1 пункта 1 статьи 164 НК РФ налоговая ставка 0 процентов применяется при реализации услуг по международной перевозке товаров, а также, в частности, транспортно-экспедиционных услуг, оказываемых на основании договора транспортной экспедиции при организации международной перевозки.При толковании указанных норм судам необходимо учитывать, что оказание таких услуг несколькими лицами (множественность лиц на стороне исполнителя или привлечение основным исполнителем третьих лиц (субисполнителей)) само по себе не препятствует применению налоговой ставки 0 процентов всеми участвовавшими в оказании услуг лицами.В связи с этим налоговуюставку 0 процентов применяюттакжеперевозчики, оказывающие услуги по международной перевозке товаровна отдельных этапах перевозки(абзацы первый - второй подпункта 2.1 пункта 1 статьи 164 Кодекса), лица, привлеченные экспедитором для оказания отдельных транспортно-экспедиционных услуг (абзац пятый подпункта 2.1 пункта 1 статьи 164 Кодекса).
Так что НДС Вам выставили и предъявили безосновательно.
А раз так - никакого возмещения и быть не может (письма Минфина России от 25.04.2011 N 03-07-08/124, ФНС России от 13.01.2006 N ММ-6-03/18@, Постановления Президиума ВАС РФ от 25.02.2009 N 13893/08 по делу N А40-67561/07-107-390, от 20.06.2006 N 14588/05 по делу N А75-4580/2005 и др.).